از همان طلوع خورشید اسلام همواره مسجد به عنوان محل تجمع عبادی و سیاسی مسلمانان از جایگاه و تقدس ویژهای برخوردار بوده و در قرآن کریم توصیههای زیادی در باره آن شده است. اولین اقدام پیامبر(ص) پس از ورود به مدینه بنای مسجد بود و همواره در دوران حیات پر برکتشان بر ساخت، تعمیر و آبادانی و رونق آن سفارش میکردند.
اما بر خلاف توصیه و تأکید قرآن کریم و سیره رسول خدا(ص) و امامان معصوم علیهم السلام، بینش و گرایش صوفیان دوری از این مکان سیاسی و عبادی مقدس است.
در واقع آنان در یک حرکت بدعتگرایانه مکانی به نام خانقاه (زاویه، رباط، لنگر و...) برپا نموده و صف خود را از مسلمانان جدا کردند.
خانقاه معرب خانگاه محل زندگی و تجمع صوفیان است و برخی گویند، نخستین بار امیری نصرانی در رمله شام آن را برای صوفیان ساخت. (سجادی، سید ضیاءالدین، مقدمهای بر مبانی عرفان و تصوف، سمت، قم، ۱۳۷۲ ص 258)
اما استاد جلالالدین همایی احتمال میدهد دو اصل در بنای خانقاه نقش دارند یکی شباهت به اصحاب صفه و دیگری دعوت و تبلیغ و اجتماعاتی که لازمه تحزب و فرقهبندی است و در ادامه بیان میدارد چون ریشه واژه فارسی است ایرانیان پایهگذار آن بودهاند(همایی، جلالالدین، تاریخ تصوف در اسلام، چ ۳، ستاره، تهران ۱۳۷۴. 110-111)
اوجگیری ساخت خانقاه در قرن هفتم و هشتم بود که همین امر در کنار عوامل دیگر سبب افول و زوال تمدن دین جهانی اسلامی شد. خانقاه هم از نظر معماری و هم از نظر تزیینهای داخلی وکارکرد نیز با مسجد تفاوتهای بنیادین دارد.
طرح داخلی آن شامل خانهای برای قطب و مرشد، محلی برای عبادت و جایی نیز به مجلس وعظ و اجتماع اختصاص دارد و از نظر کاشی کاری و تزئینات نام بزرگان صوفیه و اشعار عرفانی بر آنان نوشته شده است و نام آن معمولا به نام شیخ و قطب یا به نام محل و ناحیه خوانده میشود. (سجادی، سید ضیاءالدین، مقدمهای بر مبانی عرفان و تصوف، سمت، قم، ۱۳۷۲ ص 8 -257)
در سالهای اخیر گنابادیه نام خانقاه را به حسینیه تغییر داده اند اما تصاویر و کاشی کاریهای انجام شده در آن حاکی از پایبندی آنان به سنت صوفیگری است و نام حسینیه تنها سرپوشی برای کارهای بدعت آمیز آنان نزد عوام است.
تمام مراسم های ذکر، نماز و ... درویشان گنابادی در خانقاه(به تعبیری حسینیه) برگزار می شود در حالی که مهمترین مکان برگزاری نماز جماعت و واجبات شرعی مساجد است.